کلسیم هیدروکساید یکی از داروهای داخل کانال است که در جلوگیری از رشد میکروب‌ها در داخل کانال ریشه مؤثر است. خاصیت آنتی میکروبیال کلسیم هیدروکساید به‌خاطر ph قلیایی آن است و این ویژگی به تجزیه بافت‌های نکروتیک باقی‌مانده، باکتری‌ها و محصولاتشان کمک می‌کند. مشخص شده که استفاده از کلسیم هیدروکساید در بین جلسات درمان تأثیری بر کاهش درد ندارد. جهت استفاده در دندان‌های با پالپ نکروتیک و آلودگی باکتریال توصیه شده است. کلسیم هیدروکساید را می‌توان به طور مؤثر به‌عنوان داروی داخل کانال، سیل کانال ریشه، برای مدیریت پرفوریشن و تحلیل ریشه استفاده کرد؛ بنابراین از کلسیم هیدروکساید به طور مؤثر در تعدادی از روش‌های درمانی در اندودنتیکس استفاده می‌شود.

استفاده از این ماده در دندان‌های با پالپ وایتال مزایای کمی دارد. کلسیم هیدروکساید می‌تواند به‌صورت پودر خشک که با یک مایع (مثل محلول بی‌حسی، سالین، آب، گلیسیرین) مخلوط شود و به‌صورت خمیر غلیظ درآید و یا به‌صورت خمیرهای داخل سرنگ اختصاصی در کانال قرار داده شود. یک لنتولوی مارپیچی برای قراردادن این مواد در داخل کانال مفید است. بردن خمیر داخل کانال توسط چرخش فایل در خلاف جهت عقربه‌های ساعت یا روش‌های تزریقی، به‌اندازه لنتولو مؤثر نیستند. برای حداکثر تأثیر باید ماده را به‌صورت عمیق و متراکم قرار داد. برای انجام این کار باید حفره دسترسی در امتداد خط مستقیم توسط فایل‌های چرخشی نیکل - تیتانیوم و دریل‌های گیس گلیدن ایجاد شود. همچنین قسمت اپیکال کانال تا شماره 25 یا بالاتر گشاد شود. حذف کلسیم هیدروکساید بعد از قراردادن به‌ویژه در قسمت‌های اپیکال ریشه مشکل است. هیدروکسید کلسیم داخل کانال معمولاً با استفاده از شستشوی دستی فراوان با هیپوکلریت سدیم همراه با ابزار دستی و شستشوی نهایی با EDTA از کانال ریشه خارج می‌شود.